O mundo dos humanos mudou completamente desde quando começou a chover cartas misteriosas. A princípio essas cartas pareciam inofensivas para Dan e outras crianças do planeta. depois perceberam que essas cartas continham poderes de um outro mundo chamado Vestroia. Desde aí um grupo de garotos inventou um jogo chamado Bakugan, e então Dan e Shun, seu melhor amigo e rival e o que melhor jogava Bakugan, inventaram as regras do jogo, por um site em Joe Brown inventou para todos os que jogam Bakugan falarem de suas incríveis batalhas. Cada carta de contém um Bakugan de um atributo. São conhecidos os atributos: Atributo do Fogo (carta vermelha), Atributo da Luz (carta amarela), Atributo de Sub-terra (carta marrom), Atributo da Água (carta azul) e Atributo Darkus (carta roxa), que é o Atibuto das Trevas.Foi aberto então um portal entre o mundo dos humanos e Vestroia.Existem também os Bakugans neutros (bakugans de cor branca). Os bakugans neutros são bakugans que não pertencem a nenhum atributo, por tanto não têm poderes.
Tudo começou quando Naga, um bakugan neutro, se sentia diferente dos outros bakugans por não pertencer a nenhum atributo. cansado de se sentir "excluído", decide se apoderar do Centro do Infinito e do Centro do Silêncio e dominar Vestroia. Naga tem uma irmã de mesmo "atributo" que ele, ela se chama Waver e teve um caso com um dos bakugans de atributo do fogo (Dragonóide, mais conhecido como Drago).
Waver, ao tentar impedir que Naga domine Vestroia, se apodera do Centro do Infinito, pois Naga conseguiu se apoderar do Centro do Silêncio e abriu um portal que levou bakugans de todos os atributos para o mundo dos humanos. O Centro do Infinito e o Centro do Silêncio ajudam a manter a paz em Vestroia e separa-o do mundo dos humanos.
Após essa união entre o mundo dos humanos e Vestroia, houve uma chuva de cartas mágicas pelo mundo inteiro. Dan, ao ver a chuva, ganhou uma carta bakugan do atributo fogo. Seu bakugan especial (bakugans que falam)é Drago. Runo, sua amiga de infância, embora ela não se lembre quem ele era, conseguiu uma carta do atributo da luz. Seu bakugan especial é Tigrera. Marucho, outro amigo de Dan, tem a carta do atributo da água. Seu bakugan especial é Preyus( Preias). Julie, admiradora de Dan, mora no Vale bakugan e tem a carta do atributo sub-terra. Seu Bakugan especial é Gowren, que fica vermelho toda vez que ela lhe elogia. Shun tem a carta do atributo ventus. Seu bekugan é Skyires. Alice tem a carta do atributo darkus. Seu bakugan é o Hidranóide ( o mesmo bakugan do mascarado). Alice tem um segredo: ela é o Mascarado. Juntos, os seis formam os guerreiros bakugans que vão um dia restaurar a paz entre os mundos.
Desde então Dan se reúne com seus amigos para derrotar o Mascarado, que vem fazendo de bons jogadores os seus lacaios, utilizando a carta da morte para retirar os bakugans dos guerreiros. Em uma das temporadas, aparece um 7° guerreiro chamado Joe brown, o mesmo que inventou o site. Tem como bakugan a Waver, irmã do Naga. Waver aparece com o Centro do Infinito dentro dela.
Os bakugans, apesar de viverem no mundo dos humanos, só conseguem sua permanência na forma de "pedras", mas no jogo eles podem voltar à sua forma normal quando utilizados.
